En el ámbito de las ayudas directas Prointem trabaja habitualmente con Organismos como el CDTI, Ministerio de Ciencia e Innovación o el Ministerio de Industria. Así, por ejemplo, con el CDTI, actualmente el principal Organismo oficial en nuestro país en el apoyo a la I+D+i, Prointem ha gestionado más de 180 proyectos.

Destacan los proyectos consorciados, proyectos en los que participan varias empresas y Centros de Investigación, donde Prointem ha conseguido importantes logros en Programas como el CENIT, PSE (Proyectos Singulares Estratégicos) e INNPACTO. En estos proyectos Prointem también puede aportar el valor añadido de encargarse de la Coordinación y Gestión General de los mismos, actuando como Oficina de Proyecto.

En el ámbito de las deducciones fiscales, al igual que en ayudas directas, Prointem trabaja con pequeñas y grandes compañías de muy diversos sectores, habiendo participado en más de 220 proyectos. Las principales entidades con las que se gestionan las certificaciones son EQA, ACIE y AIDIT.