El Tribunal Supremo confirma el carácter vinculante para Hacienda de los Informes Motivados, sin posibilidad alguna de refutación por parte de esta

La reciente sentencia 1567/2024, de 8 de octubre, del Tribunal Supremo ha anulado, por fin, las sentencias de la audiencia nacional en las que se respaldaba la capacidad de Hacienda para contradecir el dictamen vinculante en materia de innovación tecnológica que emite el Ministerio de Ciencia e Innovación a través de sus Informes Motivados de I+D+i.

Sentencia 1567/2024: Protección del Carácter Vinculante de los Informes Motivados

Esta nueva sentencia establece así que estos informes vinculantes no pueden ser rebatidos ni ignorados por los órganos de la Administración tributaria, ni en la calificación de los proyectos como merecedores de la deducción fiscal, ni en lo relativo a los gastos incluidos en el proyecto. Esto refuerza la seguridad jurídica de las empresas que aplican deducciones por actividades de I+D+i.

Origen de la Controversia: Las Sentencias de la Audiencia Nacional

Los hechos se remontan a un conjunto de sentencias de la Audiencia Nacional (AN), publicadas entre noviembre y diciembre de 2022, que concluyeron que los gastos por el desarrollo de software y aplicaciones informáticas no podían deducirse, dando así la razón a la AEAT que se había expresado en contra de los Informes Motivados emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación.

En la práctica, era como poner en duda la capacidad última del Ministerio de Ciencia para dictaminar sobre la calificación de un proyecto como Innovación Tecnológica. Es decir, restaba crédito al carácter vinculante absoluto de los Informes motivados de este Ministerio por los que las empresas habían venido aplicándose deducciones I+D+i con total seguridad jurídica y los supeditaba a la posible revisión de la AEAT.

Los Recursos de Casación y el Papel del Tribunal Supremo

Estas sentencias fueron objeto de tres recursos de casación (948, 1633 y 1635/2023), que son los que se resuelven mediante esta sentencia.

La sentencia considera que el informe vinculante -para la Administración- del art. 35.4 TRLIS, incorpora todos los elementos precisos para que las empresas afectadas puedan aplicar la deducción en la cuota del impuesto sin temor a ser corregida por ulteriores opiniones de los órganos internos de la Administración, como puede ser la propia Hacienda.

La razón fundamental por la que se anulan las sentencias de la Audiencia Nacional radica en la aceptación incondicionada de la tesis de que nada puede ser y no ser al mismo tiempo, lo que traducido a las características de estos asuntos, significa que la misma Administración, a través de sus distintos órganos y dependencias, no puede sostener que una actividad constituye innovación tecnológica y no lo constituye; que una deducción fiscal es procedente y, a un tiempo, no lo es; que un informe que la ley reputa vinculante, sin límites, no es vinculante porque puede ser privado de su valor y eficacia.

El Valor Probatorio de los Informes Motivados frente a la AEAT

Además, una de las sentencias se apoyaba en un informe pericial interno de la AEAT (cuyo equipo es denominado como EAI), por lo que el Tribunal Supremo debía decidir también si puede la AEAT, al comprobar la deducción por innovación tecnológica, neutralizar el valor probatorio de ese dictamen vinculante del MCIN, al margen de su efectivo alcance y efectos, mediante un documento interno de sus propios funcionarios.

Eliminación del valor vinculante del informe

El enfoque de esta cuestión atiende principalmente al modo de crear la Administración la prueba, o autoprueba, porque elimina el valor vinculante del informe. En relación con esta cuestión, el TS afirma:

1. Un dictamen de la Administración que reconoce un derecho -como el de que un proyecto es innovación tecnológica y la inversión efectuada debe poder deducirse en la cuota del impuesto- que es vinculante por la Ley para la Administración emisora -en un sentido amplio y omnicomprensivo-, no puede ser refutado mediante otro informe contrario de la propia Administración.
2. Aun cuando tal contradicción, en casos sumamente excepcionales de apreciación arbitraria o ilógica -que en este caso no concurren- pudiera ser aducida por la AEAT mediante prueba, no es aceptable la prueba autocreada en el seno de sus dependencias internas.
3. En tales condiciones, esto es, aun cuando se aceptara a efectos dialécticos que es posible tal prueba, no puede revestir la forma de prueba meramente documental ni ser presentada a un Tribunal de justicia entre los documentos que se integran en el expediente administrativo.
4. En particular, el informe del EAI no procede de un órgano independiente de la AEAT, ni está a cargo de funcionarios que posean un margen de independencia o autonomía funcional que les haga imparciales en sus conclusiones, máxime cuando contradicen un informe vinculante.
5. Dicho EAI no consta, más bien se deduce lo contrario de la resolución que lo crea -de 26 de diciembre de 2005, de la Presidencia de la AEAT-, que posea conocimientos técnicos y científicos necesarios para opinar sobre la calificación de los proyectos como innovación tecnológica, sobre los gastos e inversiones que determinan la base de la deducción y, en suma, sobre el acierto o desacierto de un informe especializado de un Ministerio competente en materia de ciencia al que la ley le atribuye carácter vinculante para la Administración.

Una Victoria para las Empresas y la Seguridad Jurídica

Así, las tres sentencias del Tribunal Supremo estiman los respectivos recursos de casación, anulan las sentencias de la Audiencia Nacional y declaran nulas las liquidaciones que fueron recurridas ante ella en su día -las que negaron la deducción por innovación tecnológica en el Impuesto sobre Sociedades. Además, reconocen a las sociedades recurrentes el derecho a la deducción fiscal por actividades de innovación tecnológica, declarada por ellas en sus autoliquidaciones.